行政院在6日向總統提交《立法院職權行使法》、《中華民國刑法》等修正案之覆議理由書，總統府在今（11）日指出，賴清德總統已經核可覆議案。行政院回應，這次列出國會改革6大窒礙難行處，今日依憲法增修條文第3條第2項第2款規定，移請立法院覆議。
行政院表示，立法院在5月28日通過「立法院職權行使法」修正條文、增訂「中華民國刑法」第5章之1章名及第141條之1條文，經過詳細研議後，認為有違反憲法上民主原則、權力分立原則，以及正當法律程序，而侵害人權之虞。
行政院指出，此次修法審議程序不符民主原則，具有明顯重大瑕疵；《立法院職權行使法》有關總統進行國情報告相關規定違反《憲法》；《立法院職權行使法》有關質詢權、調查權、聽證之行使相關規定，違反權力分立原則，且侵害人民基本權利；《立法院職權行使法》有關人事同意權之行使相關規定，恐導致《憲法》法定機關職權行使產生窒礙，且與比例原則及正當法律程序不符；《立法院職權行使法》有關妨礙立法委員行使質詢權、調查權及聽證之處罰規定；《中華民國刑法》第141條之1藐視國會之處罰，有違法律明確性原則、正當法律程序及比例原則」等，以上6點皆有窒礙難行之處。
行政院強調，民主政治應經由討論與溝通的過程來建立共識。行政院提出覆議的目的，絕不是要升高兩院之間的對立與衝突，而是希望透過良性的憲政對話程序，請立法院尊重憲法，體恤民意，藉由再次審視法案的內容，找出符合憲法與國家利益的最大共識，妥適回應公民社會與各界的訴求。
