大陸籍阮姓男子駕駛1艘快艇直闖我國淡水河口，除了暴露海巡署目標辨識、攔檢海上不明目標程序的缺陷外，事實上，此一突發事件也凸顯了國軍在淡水河防上反制兵力的不足。
針對9日的事件，不僅海巡署岸上的雷操手，無法及時分辨衝向淡水河口的大陸快艇究竟是否為台灣船隻，在6月13日國防部例行記者會上，海軍司令部參謀長邱俊榮中將也承認，海軍岸置雷達無法掌握小型目標。
但除了目標識別的問題外，另一個更嚴重的問題則是淡水河防欠缺足夠反制兵力。
針對敵軍可能沿淡水河道進逼 台北的政經中樞，甚至發動「斬首行動」，往年國軍的年度「漢光」演習都會演練「反斬首行動」，在淡水河口、周邊地區實施反突擊、反滲透作戰。
例如距離淡水河口僅約8公里的關渡大橋，軍方曾規劃在橋上安置河面攔阻用的炸藥，甚至考慮直接將關渡大橋炸斷，使橋體形成河面障礙物。2022年舉行的「漢光38號」演習，則是出動陸軍第53工兵群的M3浮門橋，演練在淡水河口布放利用油桶、炸藥所組成的河道阻絕鏈。
不過，面對突襲方式的小型、高速水面目標，上述規劃恐怕緩不濟急。以往海軍在淡水河口曾駐防排水量約50噸的自製海鷗級飛彈快艇，但在2012年該級快艇全部除役後，軍方在淡水河口就未再派遣任何水面船艇。
目前除了海巡署進駐的巡邏艇外，海軍在淡水河口周邊只有陸地上的觀通兵力，河防主力則是隸屬第6軍團的陸軍關渡指揮部，配備CM11戰車、雲豹8輪裝甲車、固定的T82式雙聯裝20公厘機砲等，雖然反制火力不弱，但都是屬於岸上兵力，無法在河道上追擊小型目標。
由於國軍在淡水河道欠缺水面的應變兵力，2023年「漢光39號」演習曾整合海巡署特勤隊的K120突擊快艇、特勤隊員，進行淡水河道反擊演練。近年來陸軍也評估抽調外島的第101兩棲偵察營（俗稱海龍蛙兵），進駐 台北地區、協助淡水河口、河道的河防任務。
1艘只配備1具舷外機動力的大陸籍民間快艇，就突破了海巡署的淡水河口防線，未來國軍除了解決雷達情資的敵我識別外，勢必要重新檢討淡水河防的兵力部署方式。
