民眾黨總統候選人柯文哲30日在大選辯論會詢問民進黨總統候選人賴清德，做為台大校友，如何面對「卡管案」？賴清德回應表示，管中閔案一開始有聲音的是台大校友！。
賴清德表示，身為台大校友，他當然關心台大的學術自由和發展，「但柯文哲只注意到管中閔的案件，沒注意到一開始有聲音的是台大的校友」；而且管中閔可以擔任校長，也是他擔任行政院長任內核定的。
國民黨總統候選人侯友宜說，「卡管案」是政府干涉學術自由，這很不應該，搞到現在大家對這個事都耿耿於懷，他也批評賴清德，「卡管」不對，就該出面說清楚，不是閃來閃去，這就是他看不起的！
台大前校長管中閔與作家楊渡合作撰寫《大學的脊梁：台大校長遴選事件與管中閔心情記事》一書，記錄2018年「卡管案」過程。楊渡曾透露，卡管案一定與當時行政院長賴清德有關係，賴以行事不力為由，逼退時任教育部長潘文忠後，2天內馬上讓吳茂昆接任，顯然早就備有人選，可見賴清德是背後操盤手。
管中閔針對賴清德辯論時對「卡管案」回應，31日在臉書上表示，2018年政府傾盡全力粗暴干涉臺灣大學校長遴選，迫害校長當選人，破壞大學自治！
管中閔特別強調，當時的行政院長：「賴清德」！
管中閔最後說，聽總統候選人辯論會有感：「迴避問題，但無法逃避歷史與責任！」
